Francisco pediu para ser enterrado na Basílica de Santa Maria Maior, em Roma, onde repousará em uma capela discreta na nave esquerda. O local abriga os restos mortais de outros sete pontífices e é marcado pela presença da imagem da Virgem Salus Populi Romani, à qual o papa era profundamente devoto. Ele costumava visitar a basílica antes e depois de suas viagens internacionais, em momentos de oração silenciosa.

A decisão de não ser sepultado nas Grutas Vaticanas, como é tradição há mais de um século, representa um gesto simbólico e pastoral. Francisco desejava que sua morte refletisse a vida de um pastor próximo do povo, e não de um chefe de Estado.Em 2024, o pontífice aprovou reformas no “Ordo Exsequiarum Romani Pontificis”, o protocolo oficial para funerais papais. Entre as mudanças, determinou que o papa fosse enterrado em apenas um caixão, e não mais em três — cipreste, chumbo e carvalho — como era o costume. Além disso, seu corpo será exposto ao público de maneira simples, sem o uso de tronos, almofadas ou catafalcos, aproximando a cerimônia da de qualquer outro bispo.

As alterações foram concebidas para reforçar o caráter espiritual da despedida e evitar excessos cerimoniais. Para Francisco, o funeral de um papa deveria ser um sinal de fé e não de poder.